Kırşehir Ahi Evran Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü 2008 yılında, 2547 sayılı Yüksek Öğretim Kanunu’nun 19. maddesi gereğince lisansüstü eğitim-öğretim yaptırmak üzere kurulmuştur.